Trong suốt giai đoạn chế độ thực dân Tây Ban Nha, quá trình đàn áp dân bản địa được biên niên bởi linh mục Bartolomé de las Casas. Việc vận chuyển nô lệ châu Phi tới đảo kéo dài hơn 300 năm dẫn tới việc quân đội Anh quyết định can thiệp.[6] Từ khi giành độc lập năm 1902, các chính quyền Cuba nối tiếp sau đó bị phê phán và tố cáo bởi nhiều nhóm-tổ chức khác nhau, cả ở trong và ngoài Cuba về các vi phạm nhân quyền. Trong giai đoạn sau của chế độ thực dân Tây Ban Nha ở Cuba, nhân quyền trên hòn đảo này là vấn đề nhận được sự quan tâm đặc biệt của quốc tế. Sau một chuyến viếng thăm tới vùng này vào năm 1898, nghị sĩ Hoa Kỳ Redfield Proctor ước tính có khoảng 200.000 người Cuba đã chết vì đói hoặc bệnh tật trong các trại tập trung của Tây Ban Nha.[7] Lo ngại này góp phần ủng hộ cho cuộc chiến Hoa Kỳ-Tây Ban Nha trong lòng nước Mỹ.

Giai đoạn bất ổn kéo dài sau độc lập, chính quyền của Gerardo Machado tỏ ra là một chế độc độc tài. Machado không ngừng mở rộng quyền lực cho tới khi một sinh viên phát động phong trào lật đổ ông ta vào năm 1933. Theo Hugh Thomas, thời kỳ sau Machado được đánh dấu bởi một loạt các vụ bạo loạn, hành quyết tập thể và nạn tham nhũng.[8]

Từ năm 1940, Cuba có hệ thống bầu cử đa đảng cho đến khi Fulgencio Batista (làm tổng thống từ 1933–1944) cầm đầu cuộc đảo chính với sự hỗ trợ của quân đội vào ngày 10/03/1952.[9][10]

Năm 1958, tạp chí Time viết: "Lực lượng nổi loạn với trang bị nghèo nàn đã cố gắng lật đổ Batista bằng phong trào tổng đình công [...] Batista đã chuẩn bị sẵn sàng đối đầu với cuộc đình công bằng cách treo giải thưởng cho bất kỳ người nào giết được kẻ chủ mưu, và đe dọa bỏ tù bất kỳ chủ cửa hàng nào đóng cửa." Trong cuộc tổng đình công đó, những người du kích và thanh niên đã cướp súng đạn của cảnh sát. Đã có vài người bị giết trong các cuộc đụng độ.

Cuộc đình công chỉ kéo dài trong thời gian ngắn: "Với lực lượng hùng hậu, Batista đã lái xe thị uy khắp thành phố, trong khi lực lượng cảnh sát của ông ta hoàn tất công việc trấn áp. Tổng số người bị giết là 43."[11]

Năm 1959, Fidel Castro cùng với lực lượng của mình lật đổ chế độ Batista. Sau đó, đã có thay đổi căn bản trong nền chính trị cũng như lo ngại về dân quyền.[12][13]

"Phong trào hòa giải dân tộc Cuba", một tổ chức có trụ sở tại Mỹ tự nhận là một diễn đàn thảo luận các vấn đề xã hội Cuba, và lên án các vi phạm nhân quyền ở Cuba ngay sau cách mạng. Năm 1960, vụ bạo loạn Escambray giữa chính quyền mới và lực lượng chống đối đã nổ ra, kéo dài tới đầu những năm 1970. Theo tổ chức trên, những người Cuba nhập cư vào Mỹ là những người đầu tiên lên án chính quyền Cuba.[14]

Chế độ Cộng sản

Sau khi lên cầm quyền năm 1959, chính quyền của Fidel Castro không hề xây dựng nên bất cứ cỗ máy đàn áp chính trị nào cả, theo lời nhận xét của Tổ chức theo dõi nhân quyền.[1]

Ngay từ tháng 12/2009, Valdim Kotchergin (hoặc Kochergin), một cơ quan thuộc KGB, xuất hiện ở Cuba.[15][16]

Theo một cuốn của tác giả Paul. H. Lewis, người từng viết sách xin lỗi các chế độ Stroessner, Benito Mussolini và Juan Peron, tính tới cuối năm 1960, tất cả các tờ báo đối lập đều có thể nêu lên chính kiến của mình, các đài phát thanh-truyền hình không hề chịu sự kiểm soát của nhà nước.[17] Những người theo chủ nghĩa ôn hòa và giới trí thức được khuyến khích.[17] Lewis cũng nói rằng mỗi năm không có bất kỳ người bất đồng chính kiến nào bị bắt giữ và tra tấn trong điều kiện vô nhân đạo của nhà tù.[17]

Hành quyết tù nhân chính trị

Nhiều con số ước tình nói lên số lượng các vụ hành quyết chính trị từ sau cách mạng. Theo Tổ chức Ân xá quốc tế, số vụ tử hình từ 1959-87 là 2, so với con số công khai là 1.[18] Chính quyền Cuba thì hợp thức hóa các vụ tử hình đó bằng lập luận rằng việc kết tội và thi hành án tử hình các tội phạm chiến tranh và các loại tội phạm khác ở Cuba tuân thủ theo đúng trình tự thường thấy ở các vụ án xét xử bởi lực lượng Đồng Minh đối với phát xít. Một vài học giả Cuba duy trì quan điểm rằng nếu không áp dụng hình phạt nghiêm khác chống lại bọn khủng bố và các loại tội phạm đặc biệt nguy hiểm dưới thời Batista thì dân chúng sẽ trực tiếp cầm lấy cán cân công lý.[19]

Nhà sử học người Mỹ-Latinh Thomas E. Skidmore nói rằng đã có tới 550 vụ hành quyết trong sáu tháng đầu năm 1959.[20] Nhà sử học người Anh Hugh Thomas, trong công trình nghiên cứu Cuba-sự theo đuổi tự do[21] nói rằng có thể 5000 vụ hành quyết đã được tiến hành trước năm 1970[20] trong khi theo một nguồn khác khẳng định rằng đã có 2,113 vụ hành quyết tù chính trị giữa những năm 1958 và 1967.[20] Tác giả của cuốn Át-lát lịch sử, một công trình tổng hợp cá nhân gồm nhiều nguồn được lưu trữ trên mạng, nói rằng: "Sự phân chia giữa những kẻ cầm búa rìu và những kẻ tay không nằm trong khoảng giới hạn 5000-12000"[20] Hiệp hội Đồng hương Mỹ-Cuba (Cuban American National Foundation) nói rằng từ sau cách mạng, có khoảng 12,000 vụ hành quyết tù chính trị ở Cuba.[20] Tiến sĩ Armando Lago, thuộc Hiệp hội Nghiên cứu Kinh tế Cuba, một nhóm các học giả phần lớn là người Cuba tỵ nạn.[22] cho biết khoảng chừng 15,000 và 18,000 người Cuba đã bị hành quyết vì tội phản cách mạng từ sau khi cách mạng nổ ra. Ông ta cũng nói rằng 250 người Cuba đã mất tích trong suốt thời kỳ này, 500 người đã chết trong tù vì thiếu sự chăm sóc y tế, 500 bị giết bởi lính canh và 150 vụ ám sát kín các phụ nữ. Một cuốn sách khác ước tính khoảng 15.000 đến 17.000 người Cuba đã bị xử bắn dưới chế độ Castro từ năm 1959 đến cuối những năm 1990.[23]

Vấn đề người tị nạn

Từ 1959 đến 1993, khoảng 1.2 triệu người Cuba (chiếm 10% dân số hiện tại) đã rời khỏi đảo quốc để tới Mỹ,[24] thường là theo đường thủy, trên các con thuyền nhỏ và các bè nổi.

Lao động cưỡng bức và ngược đãi tù nhân

Năm 1986, một tòa án về Cuba đã được tổ chức tại Paris để chuyển tải lời khai của các cựu tù Cuba tới truyền thông quốc tế. Những lời khai này được trình ra tại tòa, trước một ủy ban quốc tế, xác nhận về một hình thức tra tấn trong các nhà tù Cuba và các trại lao động khổ sai. Các hình thức tra tấn bao gồm đánh đập, thử nghiệm sinh học trong điều kiện hạn chế ăn uống, thẩm vấn cưỡng bức, cùng các điều kiện vô cùng mất vệ sinh khác. Quan tòa đồng tình với các cáo buộc về các vụ bắt giữ vô lý, tuyên án mà không có công chúng chứng kiến và không có người bào chữa, các tù nhân không được đảm bảo điều kiện tối thiểu về thức ăn, quần áo và thuốc men, hay thậm chí các vụ bắt giữ trẻ em.[25]

Số lượng các vụ hành quyết được báo cáo giảm dần trong những năm 1970, và đến những năm 1980 chỉ còn các vụ lớn được báo cáo, điển hình như vụ xử tử tướng Arnaldo Ochoa năm 1989. Ochoa đòi đưa ra xét xử Fidel Castro, cùng với ba quan chức cấp cao Cuba khác vì tội danh buôn bán ma túy. Tuy nhiên, Ochoa và những người khác đã bị buộc tội "phản quốc" và bị hành quyết chóng vánh. Những người chống lại chính quyền Castro bên ngoài Cuba bày tỏ hoài nghi về tính hợp pháp của vụ bắt giữ và hành quyết Ochoa.